UltraTree.Override.NodeStyleプロパティにSynchronizedCheckBoxを指定いただきますとチェックボックスの同期機能が有効になります。
ultraTree1.Override.NodeStyle = NodeStyle.SynchronizedCheckBox;
ツリー ノードのチェックボックスの同期化
https://jp.infragistics.com/help/winforms/wintree-synchronizing-check-boxes-of-the-tree-nodes