次のスタイルを適用することで、igGrid の選択行とホバー行の背景色を変更することができます。

<style>
    /* 選択行 */
    .ui-iggrid td.ui-state-active, .ui-iggrid .ui-ig-altrecord td.ui-state-active{
        background: red;
    }
    /* ホバー行 */
    .ui-iggrid td.ui-state-hover, .ui-iggrid .ui-ig-altrecord td.ui-state-hover{
        background: pink;
    }
</style>
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